Pendidikan Terpadu merupakan tema yang tidak lagi baru, terutama mengenai nilai dari gagasan ini telah bergulir lama, gagasan akan pentingnya memadukan ilmu agama dan pengetahuan umum telah menjadi jawaban dari berbagai keresahan akademis, yaitu bagaimana kesempurnaan transfer keilmuan di Indsonesia, hal ini sebagaimana disampaikan oleh presiden Soekarno dalam catatannya, “Di Bawah Bendera Revolusi”, bahwa pesantren sebagai lembaga pendidikan Islam, sebaiknya juga mengajarkan pengetahuan umum. Bahkan menurutnya, Islam science bukan hanya pengetahuan Qur’an dan hadits saja, Islam science adalah pengetahuan Qur’an dan hadits plus pengetahuan umum.

Sistem Pendidikan Pesantren Terpadu merupakan racikan pendidikan pesantren yang berawal pola pembelajaran 24 jam, dimana santri belajar sejak bangun tidur hingga tidur kembali, boleh dikatakan merupakan model Full day school mengandung arti system pendidikan yang menerapkan pembelajaran atau kegiatan belajar mengajar sehari penuh, yang awalnya hanyalah pendidikan ilmu, ritual dan tradisi keagamaan Islam, kemudian berpadu dengan keilmuan umum menjawab tantangan perubahan zaman, ketika masyarakat mengharapkan sublimasi keilmuan umum dan agama, sebagai modal unggul sukses dalam karir professional sekaligus bermasyarakat. Pendidikan Pesantren Terpadu artinya memadukan ilmu umum dengan ilmu agama secara seimbang dan terpadu, dimana agama sebagai landasan bersikap dan skill prefesionalitas yang di gali dari keilmuan umum sebagai daya tawar perubahan dan kemajuan, artinya keimanan dan ketaqwaan (Imtaq) harus seimbang dengan wawasan skill ilmu pengetahuan dan teknologi (IPTEK). Pelaksanaan sistem pendidikan Pesantren Terpadu mengarah pada beberapa tujuan, antara lain: pengayaan dan pendalaman materi pelajaran umum yang telah ditetapkan oleh diknas sesuai jenjang pendidikan dan berlangsung dalam satu atap institusi pesantren, pengayaan pengalaman dan pengamalan Akhlaqul Karimah melalui pembiasaan-pembiasaan hidup yang baik untuk kemudian diterapkan dalam kehidupan sehari-hari selama berada dipesantren, pembinaan kejiwaan, mental dan moral santri (peserta didik) disamping mengasah otak agar terjadi keseimbangan antara kebutuhan jasmaniah dan rohaniah sehingga terbentuk kepribadian yang utuh. penempaan spiritual Intelegence santri melalui penambahan materi-materi agama dan kegiatan keagamaan sebagai dasar dalam bersikap dan berperilaku dalam sebuah konsep pensucian jiwa (riadhoh).

Perwujutan dari Pesantren Terpadu dapat dilihat pada Pondok Pesantren Condong, pesantren tersebut sebenarnya telah melakukan revolusi kelembagaan dengan mengawinkan dikotomi keilmuan keagamaan dan umum, dalam satu wadah kelembagaan untuk kemudian diracik secara seksama mewujutkan SDM unggul di segala bidang dengan memiliki karakter keagamaan yang kuat. Disisi lain konsep pesantren terpadu meski implementasi teknisnya beragam, namun memiliki satu cirri kesamaan yaitu mensinergikan dan memadukan kumparan ilmu keagamaan dan ilmu umum dalam seutu wadah tradisi pendidikan yang berlangsung 24 jam, inilah yang dapat disebut format pendidikan Full day School ala Indonesia, yang miliki orientasi nilai berbeda dengan format pendidikan Full day School yang lahir dari tradisi keresahan pendidikan Barat abad 21.

Sistem keterpaduan yang diusung oleh Pondok Pesantren Condong dalam pola pendidikannya. Hal ini mengingat semakin menjamurnya sekolah-sekolah terpadu yang mengekor pesantren ini. Berikut penjelasan tentang sistem pendidikan terpadu yang ditawarkan oleh Pondok Pesantren Condong.

Tahun 2000 adalah tonggak baru dalam sejarah Pondok Pesantren Riyadlul-‘Ulum Wadda’wah Condong yang mana para pengelolanya memutuskan untuk menggabungkan tiga sintesa sistem pendidikan. Hal ini didasarkan pada satu pijakan bahwa setiap sistem pendidikan tersebut masing-masing memiliki kelemahan dan kelebihan. Tanpa berpretensi menjadi sebuah sistem pendidikan yang sempurna, sistem pendidikan terpadu yang diusung oleh Pondok Pesantren Condong memiliki cita-cita mulia untuk membina generasi muda Indonesia menjadi generasi yang kaffah dan bermanfaat bagi dirinya dan masyarakat.

Ada beberapa landasan di pesantren ini yang bersatu padu dan berkolaborasi sehingga menjadi sebuah sistem pendidikan terpadu (integrated education system) : Dalam sistem pendidikan terpadu, tidak ada dikotomi kepentingan antara kegiatan dunia dan akhirat. Kegiatan-kegiatna bersifat dunyawiyah sama pentingnya dengan yang bersifat ukhrowiyah. Begitupun dengan porsinya. Sehingga menghasilkan insan paripurna yang tidak sekuleristik. Dalam penyusunan kurikulum pesantren mencoba untuk memadukan 3 sintesa kurikulum dengan proporsional; pendidikan nasional, pendidikan modern ala Gontor dan pendidikan salafi. Metode yang dipake adalah alhmuhafadzoh ‘ala qodimi shale wal akhdu bijadidil ashlah. Selain itu, pesantren tidak mendikotomikan antara pelajaran umum dan agama, semuanya adalah ilmu yang berasal dari Allah. Seluruh kegiatan yang ada di pesantren bersatu padu sehingga membentuk sebuah sistem pendidikan yang terpadu. Pendidikan dalam hal ini diartikan sebagai penugasan dan pembiasaan di mana apa yang santri dengar, lihat dan rasakan sepenuhnya bagian dari pendidikan.elama ini banyak sekali pondok pesantren yang membiarkan sistem pendidikan pesantren terpisah dengan sekolah, sehingga seringkali ditemukan berbagai kegiatan kontradiktif satu sama lain. Dalam sistem Terpadu Pondok Pesantren Condong sekolah dan pesantren bersatu padu tanpa ada diskriminasi dan pemisahan. Santri adalah siswa dan siswa adalah santri itu sendiri. Dengan konsep seperti ini diharapkan para santri dapat memandang semua mata pelajaran dengan fair tanpa ada diskriminasi.Pondok Pesantren Condong berkeyakinan bahwa proses pendidikan harus bersifat holistik, dalam artian harus menyeluruh dan menyentuh seluruh aspek manusia baik itu kognitif, psikomotorik maupun afektif. Pesantren tidak mengagung-agungkan pencapaian dalam bidang kognitif saja, akan tetapi aspek-aspek lain pun diperjuangkan. Sebagai konsekuensinya pesantren menyediakan berbagai macam kegiatan ekstra kurikuler.Inti dari sistem pendidikan terpadu adalah totalitas dalam semua kegiatan pondok pesantren.

Berikut adalah komponen kurikulum yang diintegrasikan di Pesanten Condong:

Komponen Pesantren Salaf meliputi: Tauhid (tijan, sanusi, jauhar tauhid), Fiqih (safinah, fathul qorib, fathul mu’in), Hadits (hadits arbai’n, riyadus sholihin, mukhtar al-hadits), Nahwu (jurumiyah, imriti, alfiyah), Sharaf (kaelani, tasrifan), Tafsir (al-ahkam, jalalain), Akhlak (akhlakul banin, ta’limu al-muta’alim, sulamutaufik).

Komponen Pesantren Modern ala PMDG meliputi: Tamrin lugoh, Muthola’ah, Insya, Mahfudzat, Balagoh, Imla, Khat, Faraidl, Tarbiyah, Ushul Fiqh, dan Reading.

Kurnas Depdiknas meliputi: PKn, Matematika, IPA [Fisika, Kimia, Biologi], IPS [Sejarah, Ekonomi/Akutansi, Geografi, Sosiologi, Ekonomi], bahasa Indonesia, sejarah indonesia, bahasa Inggris, TIK, prakarya, Penjas, dan Seni budaya, BAHASA [antropolgi,bahasa jerman, jepang, arab, sastra indonesia dan sastra inggris].

Ketiga komponen tersebut dipadukan sehingga menjadi satu kesatuan yang tidak dapat dipisahkan satu sama lain.